پیوستن آلمدین زیلیکیچ به استقلال، حواشی بسیاری را به دنبال داشت. بازیکن اهل بوسنی که بدون اطلاع جواد نکونام و با تصمیم مستقیم هلدینگ خلیج فارس به این تیم پیوست، به یک بحران میان کادرفنی و مالکیت باشگاه تبدیل شد.در حالی که جواد نکونام سرمربی استقلال علیه او و مدیرانی که او را جذب کرده اند، مصاحبه کرد و این بازیکن بوسنیایی را بازیکنی بی کیفیت خواند، اما یکی از مدیران استقلال می‌گوید که رقم قرارداد آلمدین زیلیکیچ بسیار کمتر از سایر بازیکنان این تیم است. او ضمن تکذیب شایعات مربوط به قرارداد 380 هزار دلاری او گفت: «رقم قرارداد آلمدین زیلیکیچ، 150 هزار دلار یا حدود 9 میلیارد تومان است و ارقام مطرح شده در این زمینه صحت ندارد.»