​​​​​​​کارشناسان درباره خطرات بالقوه شیرهای غیرلبنی هشدار می‌دهند. در سال‌های اخیر، برخی به دلایل مختلف از جمله مشکل حساسیت به لاکتوز، پیروی از رژیم‌های غذایی گیاه‌خواری یا نگرانی‌های اخلاقی درباره آزار حیوانات در دامداری‌های صنعتی، مصرف شیر گاو را کنار گذاشته‌ و به سمت مصرف شیرهای گیاهی گرایش پیدا کرده‌اند. با این حال برخی مواد موجود در این جایگزین‌ها ممکن است از لبنیات آسیب‌زننده‌تر باشد.
  سطح قند بالا
با وجود آن‌که چربی و کالری شیر گیاهی کمتر از شیر گاو است، تحقیقات نشان می‌دهد که گزینه‌های گیاهی همیشه از نظر تغذیه‌ای با آن‎چه از شیر لبنی به دست می‌آید، برابری نمی‌کنند و سطح قند برخی شیرهای گیاهی مشابه شیرکاکائو و شیر توت‌فرنگی است. با وجود این باور عمومی که محصولات گیاهی عموما سالم‌ترند، بسیاری از شیرهای گیاهی مواد افزودنی و امولسیفایرهایی دارد که آن‌ها را در دسته موادغذایی فوق‌‌فراوری‌شده قرار می‌دهد. امولسیفایرها مواد افزودنی‌اند که به مخلوط کردن دو یا چند ماده‌ای که به طور طبیعی با هم ترکیب نمی‌شوند، کمک می‌کنند. در شیرهای گیاهی این امولسیفایرها عبارت‌اند از ژلاتین، پروتئین وی، صمغ زانتان و کربوکسی متیل سلولز که معمولا برای جلوگیری از تکه‌‌تکه شدن محلول و ایجاد بافتی یکدست و خامه‌‌مانند، به شیر‌های غیرلبنی اضافه می‌شود.
  افزودنی‌های مضر شیرهای گیاهی
به گزارش نیویورک‌پست، مواد غذایی فوق‌فراوری‌شده به سیستم میکروبی بدن، یعنی مجموعه‌ای از میکروارگانیسم‌ها از جمله باکتری‌ها، ویروس‌ها، قارچ‌ها و پروتوزوآها که در بدن انسان وجود دارند و به تنظیم فرایندهای متابولیک، تقویت سیستم ایمنی و حفظ سلامت عمومی کمک می‌کنند، آسیب می‌زنند. نتایج مطالعه‌ای دیگر در سال ۲۰۲۱ هم نشان داد هنگامی که امولسیفایرها با توده‌ای از باکتری‌های مشابه باکتری موجود روده انسان مواجه شدند، باعث مرگ یا آسیب باکتری‌ها شدند. میکروبیوم روده یعنی مجموعه‌ای از باکتری‌ها، ویروس‌ها و قارچ‌ها در سیستم گوارشی ما‌، به‌عنوان یک عامل کلیدی در پیشرفت سرطان روده بزرگ درنظر گرفته می‌شوند. تحقیقات نشان داده است که باکتری‌های موجود در دستگاه گوارش در مبارزه با سرطان نقش مهمی ایفا می‌کنند و اختلال در این میکروبیوم می‌تواند احتمال بروز سرطان‌های روده را افزایش دهد.
   نگرانی از قند خون
 البته فقط افزودنی‌ها و امولسیفایرهای موجود در شیر گیاهی عامل نگرانی نیستند. افزایش قند خون ناشی از مصرف آن‌ها نیز نگران‌کننده است. کارشناسان به طور ویژه به شیر جو دوسر اشاره می‌کنند که نسبت به شیرهای لبنی یا شیر مغزها مثل شیر بادام، پروتئین کمتر و کربوهیدرات بیشتری دارد. زمانی که بدن این کربوهیدرات‌ها را تجزیه می‌کند، قند خون بالا می‌رود. این چرخه افزایش قند به مرور زمان می‌تواند کنترل وزن را دشوار کند و مصرف‌کنندگان را بیشتر در معرض بیماری‌های مرتبط با سبک زندگی، مانند دیابت، قرار دهد.