روابط عمومی وزارت علوم در واکنش به مطالبی که به نقل از سوی برخی افراد در شبکه‌های اجتماعی منتشر و در برخی پایگاه‌های خبری بازنشر شده است، اعلام کرد: مطالب عنوان شده در خصوص نحوه تغییر رئیس دانشگاه فردوسی مشهد نادرست و خلاف واقعیت است. روابط عمومی وزارت علوم در این خصوص، توضیحاتی را برای تنویر افکار عمومی اعلام کرده که در ادامه می آید:
1- جناب آقای دکتر میرزایی رئیس محترم پیشین دانشگاه فردوسی از مدت‌ها پیش در جریان تغییر مدیریت آن دانشگاه قرار گرفته بودند و این تغییر در چهارچوب مقررات و ضوابط وزارت انجام شده است.
2- قبل از انتشار و اعلام حکم انتصاب سرپرست جدید دانشگاه، از طرف حوزه وزارتی، چندین بار با تلفن همراه  آقای دکتر میرزایی تماس گرفته شد که به تلفن‌های وزارتخانه پاسخ ندادند.
3- پس از ناامیدی از پاسخ وی، مراتب به دفتر او اعلام شده و اطلاع داده شد تا در اسرع وقت پاسخگوی تلفن وزارت باشند. اما متاسفانه باز هم امکان برقراری تماس با وی فراهم نشد.
4- نهایتا پس از آنکه بر اساس یک رویه معمول اداری، حکم سرپرستی جناب آقای دکتر جوان جعفری از طریق سامانه اتوماسیون اداری ابلاغ شد، وی با رعایت احترام کامل و پس از هماهنگی با حوزه ریاست و دفتر رئیس دانشگاه برای انجام مسئولیت خود به دفتر ریاست مراجعه کرده‌اند. ضمنا با وجود اینکه هماهنگی لازم برای حضور رئیس پیشین دانشگاه در جلسه تکریم و معارفه، به عمل آمده و وی قول داده بودند در جلسه حضور پیدا کنند، اما نهایتاً در مراسم تودیع و معارفه شرکت نکردند.
5- حضور شماری از اعضای هیئت علمی پیشکسوت در دفتر رئیس دانشگاه کاملاً خودجوش بوده و وزارت علوم هیچ نقشی در آن نداشته است.
اخبار موثق که نمونه‌ای از آن در سایت دانشگاه فردوسی درج شده‌، حاکی از آن است که جمع حاضر نیز هیچ رفتار خارج از عرفی از خود نشان نداده‌ و ضمن استقبال از انتصاب آقای دکتر جوان جعفری، از زحمات و تلاش‌‌های جناب آقای دکتر میرزایی قدردانی کرده‌اند.