​​​​​​​
پزشکیان به رغم خاستگاه متفاوت سیاسی که با شهید رئیسی داشت، اما در تلاش برای همدلی و توافق میان قوا و نهاد های نظامی و امنیتی مسیر دولت پیشین را در پیش گرفت. تا این جای کار پزشکیان با این که به نظر بر سر برخی کلان مسائل با دیگر اجزای حاکمیتی هم نظر نبوده اما سعی دارد که پای رسانه ها را به اختلافات و مناقشات باز نکند و نشان دهد که مسئولان یکپارچه و یک‌صدا عزمشان برای مشکلات مردم جزم است. موضوعی که علی الظاهر به مذاق برخی از چهره های تندرو جریان های اصولگرایی و اصلاح طلبی خوش نمی آید. در همین راستا و در تازه ترین خبر  علی جنتی وزیر ارشاد دولت یازدهم در گفت و گوی جنجالی اخیر خود با عبدی مدیا، با مانور بر این نکته که پزشکیان کاریزمای لازم برای ایستادگی بر مواضع خود را نداشته  و جز در موضوع حجاب عملا نتوانسته شعار های خود را محقق کند، در ادعایی عجیب می گوید: «همه در شورای عالی امنیت ملی با اجرای عملیات وعده صادق 3 موافقت کردند، اما پزشکیان تنها مخالف آن بود» پس از این اظهارات بسیاری از جمله جریان های رادیکال و مخالف پزشکیان آن را نشانه ناهماهنگی او با راهبردهای حاکمیت عنوان کرده و در دیگر سو برخی از هواخواهان رادیکالش نیز آن را نشانه ای از مقاومت پزشکیان در برابر فشارهای نهادهای امنیتی و نظامی عنوان کردند. اول باید گفت که این اظهارات با توجه به این که  جلسات شورای عالی امنیت ملی همانند دیگر کشور ها طبقه بندی شده و محرمانه است؛ قابل راستی آزمایی نیست اما به دلایل مختلف می توان گفت که این اظهارات او که به نظر با هدف تمایز سازی از پزشکیان انجام گرفت نمی تواند درست باشد. نخست آن که  رئیس جمهور اگرچه ریاست شعام را به عهده دارد اما او نیز تنها یک رای در این شورا دارد و طبق قانون مصوب شورای عالی امنیت ملی می بایست به تایید رهبر انقلاب برسد. از این رو می توان گفت که مخالفت یا موافقت رئیس جمهور تاثیری در عملیاتی شدن یا نشدن وعده صادق 3 نداشته است. نه تنها دراین مورد بلکه به طور کلی در کلان مسائل راهبردی جمهوری اسلامی از جمله ورود به سوریه و دفاع از مرزها اگرچه برخی شخصیت ها و روسای قوا با آن مخالفت داشته اند اما این مهم محقق شده است. دیگر آن که رهبر انقلاب در واکنش به برخی جریان ها که دولت و نیروهای مسلح را به کم کاری متهم می کردند به صراحت از مسئولان لشکری و کشوری حمایت کرده و تاکید و تصریح کرده اند که در مواجهه با رژیم صهیونیستی تعجیل و تعلل نمی کنیم. وعده صادق 2 نیز که در دولت چهاردهم انجام گرفت نشان از حمایت حداکثری پزشکیان با سیاست های نظام در این زمینه داشت. از این رو معلوم نیست که اظهارات جنتی با چه هدفی در این باره انجام گرفته است. اظهارات او البته با واکنش کاربران فضای مجازی نیز همراه شد. در همین راستا عبدا... گنجی فعال سیاسی نوشت: «فکر می کنید ایشان چگونه از محتوای جلسه شورای عالی امنیت ملی اطلاع دارد؟ حرف ایشان صحت خبری دارد؟ در خدمت به کی، رئیس جمهور را مقابل نیروهای مسلح قرار می دهد؟ هدف از دو صدایی نمایی در حوزه امنیت ملی و مقابله به صهیون چیست؟ مشکل را از فهم و جناح زدگی مفرط می دانم...» علی رضا تقوی نیا تحلیل گر نیز نوشت:‌ «مدعی العموم به سخنان علی جنتی ورود کند زیرا به دوقطبی ها دامن می زند و اختلافات میان رئیس جمهور و بخش های دیگر حاکمیت را علنی می کند اسرائیل را از ذهنیت و مواضع خصوصی رئیس جمهور ایران مطلع کرد به صورت رایگان اطلاعات محرمانه شورای عالی امنیت ملی را برای اسرائیل فاش ساخت.»