​​​​​​​از زمانی که پنی‌سیلین در سال ۱۹۲۸ کشف شد، آنتی‌بیوتیک‌ها عفونت‌هایی که زمانی تهدید کننده زندگی بودند را به وضعیت قابل درمان تبدیل کردند. اما در فرایند از بین‌بردن باکتری‌های "بد"، آن‌ها می‌توانند باکتری‌های "خوب" را نیز از بین ببرند. آنتی‌بیوتیک‌ها بر میکروب‌های روده شما تأثیر می‌گذارند، آن هم به روشی مشابه که آتش‌سوزی‌ها روی گیاهان و حیوانات جنگل تأثیر می‌گذارند. گیاهان پس از آتش‌سوزی دوباره رشد می‌کنند، اما با تنوع کمتری نسبت به قبل. پس از مصرف آنتی‌بیوتیک نیز همین اتفاق در روده رخ می‌دهد. علاوه بر این، آنتی‌بیوتیک‌ها می‌توانند عوارض جانبی مانند درد شکم و کاهش اشتها ایجاد کنند. با این حال خوردن برخی غذاها ممکن است به جلوگیری از این نوع عوارض و همچنین بهبود تنوع میکروبی روده‌ها کمک کند.
پروبیوتیک‌ها| پروبیوتیک‌ها میکروارگانیسم‌های زنده‌ای هستند که معمولاً به عنوان "باکتری‌های سالم" شناخته می‌شوند. آنها می‌توانند به کاهش برخی از عوارض جانبی آنتی‌بیوتیک‌ها مانند نفخ و اسهال کمک کنند. مطالعات نشان می‌دهد که مصرف پروبیوتیک‌ها راهی ایمن برای جلوگیری از اسهال مرتبط با آنتی‌بیوتیک است. آنتی‌بیوتیک‌ها می‌توانند باکتری‌های مفید موجود در پروبیوتیک‌ها را از بین ببرند، بنابراین توصیه می‌شود این دو را با فاصله چند ساعت مصرف کنید. پس از اتمام دوره آنتی‌بیوتیک، مصرف مخلوطی از پروبیوتیک‌ها نیز می‌تواند به بازگرداندن تعادل در میکروبیوم کمک کند.
پری‌بیوتیک‌ها| پری‌بیوتیک‌ها غذای باکتری‌های مفیدی هستند که در میکروبیوم روده زندگی می‌کنند. تغذیه باکتری‌های مفید قبل و بعد از مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها می‌تواند به بازگرداندن تعادل به روده کمک کند. برخی از غذاها حاوی سطوح کم پری‌بیوتیک هستند، مانند: پیاز، سیر، موز، ریشه کاسنی، کنگر.
فیبر| فیبر ممکن است رشد باکتری‌های مفید در روده را تحریک کند. البته فراموش نکنید که هنگام مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها باید از غذاهای پر فیبر پرهیز کنید، زیرا ممکن است بر نحوه جذب دارو توسط معده تأثیر بگذارند. با این حال، هنگامی که فرد دوره کامل آنتی‌بیوتیک را به پایان رساند، خوردن فیبر می‌تواند به بازیابی باکتری‌های مفید و بهبود هضم صحیح کمک کند. غذاهای غنی از فیبر عبارتند از: کنگر فرنگی، موز، انواع توت‌ها، لوبیا، کلم‌بروکلی، عدس، آجیل، نخود فرنگی و غلات کامل.